19世纪中后期日本明治维新以后，西医西药进入日本，渐渐成为主流。藤野幼时跟父亲学习以中草药为人治病，18岁进入爱知县立医学专门学校学习西医，4年后毕业留校任教，1897年获得行医资格后又到东京帝国大学学习解剖。1901年10月应聘到仙台医学专门学校任解剖学讲师，1904年升任教授，正是这一年鲁迅转到该校学医，两人得以相识。

因藤野曾学过汉学，与鲁迅这位当时班里唯一的中国留学生交流相对容易。藤野讲授的其中一门课程是解剖学，鲁迅跟着他学完了骨学、血管学、神经学等。文章中提到“到第二学年的终结，我便去寻藤野先生，告诉他我将不学医学，并且离开这仙台。”“将走的前几天，他叫我到他家里去，交给我一张照相，后面写着‘惜别’两字，两人自此再也没有相见。”

分别后，鲁迅回国弃医从文，藤野继续教学。1912年，藤野任教的仙台医学专门学校并入刚成立的日本东北帝国大学医学专门部。专科学校升级为大学后，学校认为原来仙台医专教职员工的学历、能力等并非全都符合新成立的医科大学的任职条件，仙台医专的16名教职工仅留下6名，藤野因学历不足于被降为临时讲师，一段时间后就被解除职务。

藤野离开学校后，1916年在三井公司慈善医院耳鼻喉科以实习医生的身份工作了一段时间。1918年再婚后回故乡开设了耳鼻喉科私人诊所，因为曾在仙台医学专门学校担任教授一职，对解剖学、骨学、血管学、神经学等相当精通，亦有行医资格，开诊所谋生是没有问题的。但1937年中日战争爆发，随着战争深入，日本经济日益凋敝，藤野兄弟众多，家庭负担越来越重，仅以诊所微薄收入负担家庭支出，经济十分拮据。

1935年6月，藤野恒弥从老师那里得到了一本佐藤春夫等翻译的《鲁迅选集》，将书拿回家交给藤野，藤野用放大镜再三审视鲁迅照片后，肯定地说此人就是“周树人君”。次年10月鲁迅病故，藤野回忆了与鲁迅的交往，写下《谨记周树人君》。